第四十条第三項中「国」の下に「、特許法第百七条第二項に規定する独立行政法人（当該手数料が特許に関するものである場合におけるものに限る。）、実用新案法第三十一条第二項に規定する独立行政法人（当該手数料が実用新案登録に関するものである場合におけるものに限る。）、意匠法第四十二条第二項に規定する独立行政法人（当該手数料が意匠登録に関するものである場合におけるものに限る。）又は商標法第四十条第三項に規定する独立行政法人（当該手数料が商標登録又は防護標章登録に関するものである場合におけるものに限る。）」を加え、同条第七項中「第百九十五条第八項及び第九項」を「第百九十五条第九項及び第十項」に改め、同項を同条第八項とし、同条第六項を同条第七項とし、同条第五項を同条第六項とし、同条第四項中「特許権、実用新案権、意匠権若しくは商標権、特許、実用新案登録若しくは意匠登録を受ける権利、商標登録出願により生じた権利又は防護標章登録に基づく権利（以下この項において「権利」という。）」を「次の表の上欄に掲げる権利」に、「国と国以外の者」を「同表の中欄に掲げる者と同表の下欄に掲げる者」に改め、「自己の」の下に「同表の上欄に掲げる」を、「かかわらず」の下に「、それぞれ」を加え、「国以外の者の」を「同表の下欄に掲げる者の」に、「、国以外の者」を「、同表の下欄に掲げる者」に改め、同項に次の表を加える。
| 特許権又は特許を受ける権利 | 国又は特許法第百七条第二項に規定する独立行政法人 | 国及び特許法第百七条第二項に規定する独立行政法人以外の者 |
| 実用新案権又は実用新案登録を受ける権利 | 国又は実用新案法第三十一条第二項に規定する独立行政法人 | 国及び実用新案法第三十一条第二項に規定する独立行政法人以外の者 |
| 意匠権又は意匠登録を受ける権利 | 国又は意匠法第四十二条第二項に規定する独立行政法人 | 国及び意匠法第四十二条第二項に規定する独立行政法人以外の者 |
| 商標権、商標登録出願により生じた権利又は防護標章登録に基づく権利 | 国又は商標法第四十条第三項に規定する独立行政法人 | 国及び商標法第四十条第三項に規定する独立行政法人以外の者 |
第四十条第四項を同条第五項とし、同条第三項の次に次の一項を加える。
４ 第一項の規定は、手数料（特許に関するものに限る。）を納付すべき者が特許権若しくは特許を受ける権利を共有する国と特許法第百七条第二項に規定する独立行政法人であるとき若しくはこれらの権利を共有する同項に規定する独立行政法人であるとき、手数料（実用新案登録に関するものに限る。）を納付すべき者が実用新案権若しくは実用新案登録を受ける権利を共有する国と実用新案法第三十一条第二項に規定する独立行政法人であるとき若しくはこれらの権利を共有する同項に規定する独立行政法人であるとき、手数料（意匠登録に関するものに限る。）を納付すべき者が意匠権若しくは意匠登録を受ける権利を共有する国と意匠法第四十二条第二項に規定する独立行政法人であるとき若しくはこれらの権利を共有する同項に規定する独立行政法人であるとき、又は手数料（商標登録又は防護標章登録に関するものに限る。）を納付すべき者が商標権、商標登録出願により生じた権利若しくは防護標章登録に基づく権利を共有する国と商標法第四十条第三項に規定する独立行政法人であるとき若しくはこれらの権利を共有する同項に規定する独立行政法人であるときは、適用しない。ただし、指定情報処理機関に対し磁気ディスクへの記録を求める場合は、この限りでない。