第二条を削る。

第三条第一項中「、通則法」を「、独立行政法人通則法」に、「係る通則法」を「係る同法」に改め、「（同条第四項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）」及び「又は第三号」を削り、「、法第十六条第一項」を「、同項」に改め、同条第二項中「又は第三号」を削り、同条を第二条とする。

第四条第一項中「（同条第四項において準用する場合を含む。）」を削り、「当該規定」を「同項の規定」に改め、同条を第三条とし、第五条を第四条とする。

第六条中「（法第十五条第三号に掲げる業務に係る勘定における国庫納付金にあっては、財政投融資特別会計の投資勘定）」を削り、同条を第五条とする。

第七条を削る。

第三十条第三号中「含む。）、」の下に「国立研究開発法人水産研究・教育機構、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号）附則第十四条の規定による廃止前の」を加え、「旧農林水産省組織令」を「中央省庁等改革に伴い関係政令等を廃止する政令（平成十二年政令第三百十四号）による廃止前の農林水産省組織令」に改める。

第二条第一項第一号ニ中「独立行政法人種苗管理センター又は」を削り、「独立行政法人家畜改良センター」の下に「又は国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構」を加える。

第五条の二第三十号中「平成二十七年独法整備政令第百四十二条の規定により読み替えて適用する」を削り、「国立研究開発法人水産総合研究センター、国立研究開発法人農業生物資源研究所、国立研究開発法人農業環境技術研究所」を「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下「平成二十七年独法改革農林水産省関係法整備法」という。）第二条の規定による改正前の国立研究開発法人水産総合研究センター法（平成十一年法律第百九十九号。以下「旧国立研究開発法人水産総合研究センター法」という。）第二条の国立研究開発法人水産総合研究センター及び国立研究開発法人水産研究・教育機構、平成二十七年独法改革農林水産省関係法整備法附則第二条第一項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業生物資源研究所（以下「旧国立研究開発法人農業生物資源研究所」という。）、同項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業環境技術研究所（以下「旧国立研究開発法人農業環境技術研究所」という。）」に、「及び」を「並びに」に改め、同条に次の一号を加える。

第九条の二第二十五号中「含む。）」の下に「並びに平成二十七年独法改革農林水産省関係法整備法附則第二条第一項の規定により解散した旧独立行政法人種苗管理センター（以下「旧種苗管理センター」という。）（平成十八年独法改革農林水産省関係法整備法の施行の日の前日までの間におけるものを除く。）、旧国立研究開発法人農業生物資源研究所（平成二十六年独法整備法第百四十九条の規定による改正前の独立行政法人農業生物資源研究所法（平成十一年法律第百九十三号。以下「旧独立行政法人農業生物資源研究所法」という。）第二条の独立行政法人農業生物資源研究所（同日までの間におけるものを除く。）を含む。）及び旧国立研究開発法人農業環境技術研究所（平成二十六年独法整備法第百五十条の規定による改正前の独立行政法人農業環境技術研究所法（平成十一年法律第百九十四号。以下「旧独立行政法人農業環境技術研究所法」という。）第二条の独立行政法人農業環境技術研究所（同日までの間におけるものを除く。）を含む。）」を加え、同条第五十号中「平成二十六年独法整備法」を「旧国立研究開発法人水産総合研究センター法第二条の国立研究開発法人水産総合研究センター（独立行政法人水産総合研究センター法の一部を改正する法律（平成十四年法律第百三十一号）附則第五条第一項の規定により解散した旧海洋水産資源開発センター及び平成二十六年独法整備法」に、「除き、独立行政法人水産総合研究センター法の一部を改正する法律（平成十四年法律第百三十一号）附則第五条第一項の規定により解散した旧海洋水産資源開発センターを含む。）」を「除く。）を含む。）及び旧水産大学校（同日までの間におけるものを除く。）」に改め、同条第百六十八号及び第百六十九号を次のように改める。

百六十八及び百六十九　削除

第九条の四第三十九号中「含む。）」の下に「並びに旧種苗管理センター、旧国立研究開発法人農業生物資源研究所（旧独立行政法人農業生物資源研究所法第二条の独立行政法人農業生物資源研究所を含む。）及び旧国立研究開発法人農業環境技術研究所（旧独立行政法人農業環境技術研究所法第二条の独立行政法人農業環境技術研究所を含む。）」を加え、同条第四十号中「旧独立行政法人水産総合研究センター法第二条の独立行政法人水産総合研究センター」を「旧国立研究開発法人水産総合研究センター法第二条の国立研究開発法人水産総合研究センター」に、「を含む。）」を「及び旧独立行政法人水産総合研究センター法第二条の独立行政法人水産総合研究センターを含む。）及び旧水産大学校」に改め、同条第百十五号及び第百十六号を次のように改める。

百十五及び百十六　削除

第五十四条中第五号を削り、第六号を第五号とし、第七号を第六号とし、第八号を削り、第九号を第七号とし、第十号から第十二号までを二号ずつ繰り上げ、第十三号を削り、第十四号を第十一号とし、第十五号から第十七号までを三号ずつ繰り上げ、第十八号を削り、第十九号を第十五号とする。

別表第三中第三号を削り、第四号を第三号とし、第五号及び第六号を削り、第七号を第四号とし、第八号を第五号とし、同号の次に次の一号を加える。

別表第三中第九号を削り、第十号を第七号とし、第十一号から第二十一号までを三号ずつ繰り上げる。

第二十条の三中第二号を削り、第三号を第二号とし、第四号を第三号とし、第五号を削り、第六号を第四号とし、第七号から第九号までを二号ずつ繰り上げ、第十号を削り、第十一号を第八号とし、第十二号から第十四号までを三号ずつ繰り上げる。

第三十一条第二項中第八号を削り、第九号を第八号とし、第十号及び第十一号を削り、第十二号を第九号とし、第十三号を第十号とし、同号の次に次の一号を加える。

第三十一条第二項中第十四号を削り、第十五号を第十二号とし、第十六号から第二十九号までを三号ずつ繰り上げる。

別表中第十四号を削り、第十五号を第十四号とし、第十六号を削り、第十七号を第十五号とし、第十八号及び第十九号を削り、第二十号を第十六号とし、第二十一号を第十七号とし、同号の次に次の一号を加える。

別表中第二十二号を削り、第二十三号を第十九号とし、第二十四号から第三十七号までを四号ずつ繰り上げる。

別表第二中第二十七号を削り、第二十八号を第二十七号とし、第二十九号を削り、第三十号を第二十八号とし、第三十一号及び第三十二号を削り、第三十三号を第二十九号とし、第三十四号を第三十号とし、同号の次に次の一号を加える。

別表第二中第三十五号を削り、第三十六号を第三十二号とし、第三十七号から第四十六号までを四号ずつ繰り上げる。

第四条中「、国立研究開発法人農業生物資源研究所」を削り、「国立研究開発法人水産総合研究センター」を「国立研究開発法人水産研究・教育機構」に改める。

別表中第三十号を削り、第三十一号を第三十号とし、第三十二号を削り、第三十三号を第三十一号とし、第三十四号及び第三十五号を削り、第三十六号を第三十二号とし、第三十七号を第三十三号とし、同号の次に次の一号を加える。

別表中第三十八号を削り、第三十九号を第三十五号とし、第四十号から第四十九号までを四号ずつ繰り上げる。

第一条第二号中「、第六号及び第九号」を削り、「並びにこれら」を「及びこれ」に改める。

別表第一独立行政法人種苗管理センターの項及び独立行政法人水産大学校の項を削る。

別表第二国立研究開発法人農業生物資源研究所の項及び国立研究開発法人農業環境技術研究所の項を削り、同表国立研究開発法人水産総合研究センターの項を次のように改める。

第九十号を削り、第九十一号を第九十号とし、第九十二号を第九十一号とし、第九十三号及び第九十四号を削り、第九十五号を第九十二号とし、第九十六号を第九十三号とし、同号の次に次の一号を加える。

第九十七号を削り、第九十八号を第九十五号とし、第九十九号から第百十一号までを三号ずつ繰り上げる。

第十五条中第五号及び第六号を削り、第七号を第五号とし、第八号から第十七号までを二号ずつ繰り上げる。

第三十一条第三号を次のように改める。

第三十一条中第四号を削り、第五号を第四号とし、第六号を第五号とし、第七号を第六号とする。

第三条第八号を次のように改める。

第五条第十六号中「独立行政法人種苗管理センター」を「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下「平成二十七年独法改革農林水産省関係法整備法」という。）附則第二条第一項の規定により解散した旧独立行政法人種苗管理センター」に、「独立行政法人水産大学校」を「平成二十七年独法改革農林水産省関係法整備法附則第九条第一項の規定により解散した旧独立行政法人水産大学校」に改める。

第五条第五号中「独立行政法人水産大学校、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構」を「国立研究開発法人水産研究・教育機構」に改める。

第百四十二条の表独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号）附則第四条第三項の項を削る。

附則第五条のうち核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律施行令第五十四条の改正規定を次のように改める。

附則第六条のうち放射性同位元素等による放射線障害の防止に関する法律施行令第二十条の三の改正規定を次のように改める。