第二条を削り、第二章中第三条を第二条とし、第四条を第三条とし、同条の次に次の一条を加える。
（プログラム登録に関する証明の請求）
第四条 プログラム登録がされた著作物の著作権者その他の当該プログラム登録に関し利害関係を有する者は、文化庁長官に対し、政令で定めるところにより、自らが保有する記録媒体に記録されたプログラムの著作物が当該プログラム登録がされた著作物であることの証明を請求することができる。
２ 前項の規定による請求をする者は、実費を勘案して政令で定める額の手数料を納付しなければならない。
３ 前項の規定は、同項の規定により手数料を納付すべき者が国であるときは、適用しない。
第五条第一項中「につき」の下に「前条第一項及び」を加え、「に規定する」を「の規定による」に、「及び前条」を「並びに第三条」に改め、同条第四項中「における」を「においては、第二条中「文化庁長官」とあるのは「第五条第一項に規定する指定登録機関（次条及び第四条第一項において単に「指定登録機関」という。）」と、」に、「前条並びに」を「前条第一項中「文化庁長官」とあるのは「指定登録機関」と、」に改め、「、第三項及び第四項の規定の適用については、これらの規定（同条第三項を除く。）」を削り、「指定登録機関」」を「プログラムの著作物に係る登録の特例に関する法律（昭和六十一年法律第六十五号）第五条第一項に規定する指定登録機関（第三項及び第四項において単に「指定登録機関」という。）」」に、「する」を「、同条第四項中「文化庁長官」とあるのは「指定登録機関」とする」に改める。
第九条中「に規定する告示」を「の規定による公表」に改める。
第二十条第一号中「及び」を「又は」に改める。
第二十六条を次のように改める。
第二十六条 指定登録機関がプログラム登録につき第四条第一項又は著作権法第七十八条第四項の規定による請求に基づき行われる事務を行う場合には、第四条第三項又は同法第七十八条第六項の規定は、適用しない。
第二十七条中「第二十五条」を「第四条第二項若しくは第二十五条」に改める。