第二条に次の一項を加える。
4 法務大臣は、前条の訴訟の争点が独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人（以下「独立行政法人」という。）の事務に関するものである場合において、特に必要があると認めるときは、当該独立行政法人の意見を聴いた上、当該独立行政法人の指名する職員の中から指定する者に当該訴訟を行わせることができる。この場合には、指定された者は、その訴訟については、法務大臣の指示を受けるものとする。
第六条の二の次に次の一条を加える。
第六条の三 独立行政法人又はその行政庁を当事者とする訴訟が提起されたときは、当該独立行政法人は、法務大臣に対し、直ちに、その旨を報告しなければならない。
2 独立行政法人が訴訟を提起しようとするとき、又は独立行政法人若しくはその行政庁が訴訟に参加しようとするときは、当該独立行政法人は、法務大臣に対し、あらかじめ、その旨を報告しなければならない。
3 独立行政法人又はその行政庁を当事者又は参加人とする前二項に規定する訴訟に係る当該独立行政法人の事務（前項の訴訟の提起及び参加に係る事務を含む。）については、法務大臣は、国の利害を考慮して必要があると認めるときは、当該独立行政法人に対し、指示をすることができる。
4 法務大臣は、前項の訴訟について、国の利害を考慮して必要があると認めるときは、同項の独立行政法人の長に協議して、所部の職員でその指定するもの又は訴訟代理人に選任する弁護士にその訴訟を行わせることができる。
5 法務大臣は、前項の場合において、必要があると認めるときは、同項の独立行政法人を所管する大臣の意見を聴いた上、当該大臣の所部の職員で法務大臣の指定するものにその訴訟を行わせることができる。この場合には、指定された者は、その訴訟については、法務大臣の指揮を受けるものとする。
第七条第一項及び第四項中「地方公共団体」の下に「、独立行政法人」を加え、「行なわせる」を「行わせる」に改める。
第八条中「第五項」の下に「、第六条の三第四項若しくは第五項」を加え、同条ただし書中「前条第三項」を「同項」に改める。